Garantir o funcionamento eficaz das fronteiras entre o Reino Unido e a Unión Europea é unha enorme operación intergobernamental, con máis de 37 organizacións gobernamentais que participan nas operacións ou políticas fronteirizas. Algúns aspectos dos acordos fronteirizos entre o Reino Unido e a Unión Europea adminístranse de forma diferente nas distintas partes de Gran Bretaña. Por exemplo, os controis de plantas e produtos vexetais importados no Reino Unido son responsabilidade dos inspectores de sanidade vexetal e sementes da Axencia de Sanidade Animal e Vexetal e da Comisión Forestal en Inglaterra e Gales, pero en Escocia son responsabilidade do Goberno Escocés. Isto significa que algúns comerciantes que utilizan o cruzamento de fronteiras en diferentes partes de GB poden ter que interactuar con diferentes axencias para os mesmos controis.